新聞記者であるエディ・ブロックに地球外の寄生生物シンビオートが取り憑いた姿、ヴェノム。
これまで幾度となくスパイダーマンと衝突したあとで、エディはスパイダーマンに対する復讐心を捨て、故郷のサンフランシスコに移りヒーロー活動を始めようとする。しかし、逆に警察に追われることとなり思うようにはいかない。そんなとき、ヴェノムは公園で暴漢に襲われているホームレスたちを助けるも、彼らを巡る陰謀に巻き込まれていく。さらに、かつてヴェノムに息子を殺された男が組織を作り、ヴェノムの襲撃を計画していた！ この一連の騒動を新聞記事で知ったスパイダーマンも見逃すわけにはいかず、真相解明に乗り出す……。果たして、ヴェノムを待ち受ける運命とは!?
